國內畜牧場普遍都有被蚊蠅、野鳥困擾和受害的痛苦經驗，如何有效防除蚊蠅、鳥害，也是很多養羊戶的心聲。
蚊蠅危害畜牧場是不爭的事實，包括人類和牲畜一些常見的疾病，如痢病、傷害、霍亂、寄生蟲卵、原生動物包囊及小兒痲痺、腦膜炎、消化系統傳染病、食物中毒等，很多是蚊蠅所媒介。
昆蟲學副教授唐立正指出，蠅類孳生源主要有糞便 、廚馀垃圾、未腐熟的有機質肥料、污水、堆積的植物材料等。
因此，要有效防除蚊蠅，養羊業者得先斬斷可供蚊蠅成長的孳生源，改善環境衛生；若屬緊急防治則採用化學防除法，或生物防治法
對蒼蠅幼蟲防除，藥劑有平安寧(Dimilim)、住樂寶(Sumilauv)、拜速打(Baycidal)賽滅淨(Weporex) ；對成蟲棲息處所殘效噴灑，室內應選用合成除蟲匊，如賽滅寧 、百滅寧及第滅寧等；室外部分藥劑選用陶斯松、馬拉松等。
若是直接噴灑蠅群，以濃度一至二％馬拉松、速滅松等有機磷、油劑或乳劑等。
至于防蚊方面，羊場周圍之排水溝要保持暢通，不使淤積；場內任何不當之積水或容器殘留污水，都應清除，作用是阻斷熱帶家蚊性喜產卵于污水的繁衍管道。
目前國內使用殺蚊劑較簡便而實用的方法為施放殺蟲乳膏（含百分之一陶斯松或亞特松）于水溝內 ，藥效持續約二、三個月。
部份靠近山區的養羊戶近年來不斷反映小黑蚊、黑微仔肆虐，事實上小黑蚊猖獗的縣市已包括等地，且有向都市靠近的趨勢 。
就目前所知，小黑蚊、黑微仔并不會傳播疾病，但不少養羊場飽受騷擾，痛苦不堪。
沿海地區養羊場每年冬、春之交，常有野鳥或過境候鳥不經意來訪，對于這些不速之客，場主也要提高警覺，防范其散播傳染病原的可能。
